La FNCS est officiellement reconnue représentative des centres de santé polyvalents, médicaux et dentaire. A ce titre et avec les 9 autres organisations représentatives des centres de santé elle participe en 2014 à la renégociation de l'Accord National des centres de santé qui organise les rapports entre les centres de santé et les caisses d'Assurance Maladie.
Depuis quelques années les membres de la FNCS siègent dans de nombreuses instances et participent à des groupes de travail en relation avec l'évolution du système ambulatoire.
- Les Instances conventionnelles paritaires avec l’Assurance-maladie aux niveaux national, régional et départemental, mises en place par l’Accord national des centres de santé, de même que les commissions techniques paritaires (SESAM-Vitale, Formation Professionnelle Conventionnelle). La Commission Paritaire Nationale a pour mission de faciliter l'application de l’Accord National par une concertation permanente entre les caisses nationales d'assurance maladie et les organisations signataires. Elle étudie, à la demande de l'une ou l'autre des parties signataires ou d'une commission paritaire régionale, tout problème d'ordre général soulevé par les rapports entre les centres de santé et les caisses.
- La Conférence Nationale de Santé, seule instance au niveau national réunissant l’ensemble des acteurs du système de santé, conseille les ministres sur la politique nationale de santé, évalue les conditions dans lesquelles les droits des usagers sont appliqués et respectés, et contribue au débat public sur les questions de santé.
- Les Agences Régionales de Santé : élaboration des SROS-PRS, instances de concertation CRSA et CSOS, Conférence de territoire, commissions FIR...
- La Haute Autorité de Santé : protocoles de coopération pluridisciplinaire en centres de santé, élaboration d'un Référentiel d'Analyse et de Progression, également appelé "Matrice de maturité"
- Le Ministère des Affaires Sociales et de la Santé : projet de création d'un observatoire des centres de santé, groupe de concertation sur les centres de santé
- Le Ministère de la Ville, territoires en politique de la ville
- L'ASIP Santé : systèmes d’information médicale et Dossier Médical Personnel, DMP
- L'OGDPC comité de surveillance
Les concertations et les nombreux débats autour de cette loi ont requis toute l’attention et la réactivité des représentants de la FNCS qui ont pesé de leur force de conviction pour qu’une juste place soit faite à la pratique regroupée et coordonnée dont les centres de santé ont été les précurseurs.
Ses représentants sont appelés à donner le point de vue de la FNCS dans le cadre d’auditions, d’enquêtes, de missions parlementaires ou ministérielles et de Rapports sur des sujets divers en lien avec les centres de santé : rapport IGAS sur les centres de santé, etc.