La FNCS regroupe des gestionnaires de centres de santé, elle valorise et représente ces structures auprès des institutions. Elle accompagne les porteurs de projets de création de centres de santé et soutient les centres existant. La FNCS participe aux négociations conventionnelles avec l'assurance maladie, depuis la 1er convention avec la Cnam en 2003. 

La FNCS poursuit aujourd’hui auprès des caisses d’assurance maladie, des ARS, des institutions et des collectivités territoriales, son travail de fond afin de faire mieux connaître et reconnaître la pratique des centres de santé.