La FNCS regroupe des gestionnaires de centres de santé, elle valorise et représente ces structures auprès des institutions.
Elle accompagne les porteurs de projets de création de centres de santé et soutient les centres en activité.
La FNCS participe aux négociations conventionnelles avec l'Assurance maladie, depuis la 1ère convention signée en 2003.
La FNCS poursuit son travail de fond qui vise à faire connaître et reconnaitre la pratique des centres de santé auprès des acteurs de proximité.